Vous pouvez jouer avec une panoplie de manettes différentes dans la version Wii U.
Si vous jouez en solo, vous pouvez jouer en utilisant uniquement l'écran du Wii U GamePad.
Vous pouvez jouer en la tenant à l'horizontale. Vous pouvez aussi utiliser une manette Wii Remote.
Le jeu supporte aussi la manette Classic Controller.
Vous pouvez brancher jusqu'à quatre manettes GameCube en utilisant un adaptateur Wii U pour manettes GameCube. Brancher l'adaptateur à la console Wii U en utilisant les deux câbles USB. (Vous pouvez utiliser les ports USB à l'avant ou à l'arrière de la console Wii U.)
Vous pouvez utiliser des consoles de la famille Nintendo 3DS comme une manette, tant que vous avez le jeu Super Smash Bros. for Nintendo 3DS pour chaque console.
Si vous n'avez pas le logiciel Super Smash Bros. for Nintendo 3DS, vous pouvez acheter et télécharger le logiciel Smash Controller pour Nintendo 3DS dès le 14 juin 2015 (prix dans eShop : 1,29 $).
(Supportées uniquement dans le mode Smash).