Les niveaux sont là où vous effectuez vos combats. Les niveaux sont différents entre la version Nintendo 3DS et Wii U du jeu. Pour la version Nintendo 3DS, les niveaux proviennent principalement de jeux de consoles portables, alors que les niveaux de la version Wii U sont inspirés par des jeux de consoles de salon.

Niveaux Nintendo 3DS

3D Land
Ce niveau est basé sur SUPER MARIO 3D LAND. L'écran défile automatiquement et toutes sortes de choses apparaîtront.

Tortiland
Un niveau inspiré par l'île de Tortimer dans Animal Crossing: New Leaf. La configuration de l'île et des palmiers changent à chaque combat.

Tour Prismatique
La tour dans la ville d'Illumis de Pokémon X et Pokémon Y. Les plateformes sur lesquelles les combattants se battent flottent autour de la tour.

Locomotive des Esprits
The Legend of Zelda: Spirit Tracks est à l'origine de ce niveau. Les joueurs s'affrontent sur un train en mouvement. Les wagons changent alors que le train avance. Vous pourrez également voir des trains explosifs et des trains des ténèbres. Et bien sûr, le conducteur n'est nul autre que Link.

Route Arc-en-ciel
Le circuit Route Arc-en-ciel de Mario Kart 7 a inspiré ce niveau. Les plateformes volent au-dessus du circuit et se posent à des endroits aléatoires pendant la course. Faites attention aux Maskass qui se promènent dans leurs karts !

Niveaux Wii U

Pilotwings
Ce niveau est inspiré par Pilotwings et Pilotwings Resort, vous emmène dans une visite aérienne de l'île Wuhu lors de votre combat. Faites attention de ne pas tomber lorsque les avions changent !

Ville et village
Un niveau inspiré d'Animal Crossing: Let's Go to the City. Les plateformes arrivent et repartent entre le village et la ville. En fonction de l'heure, il fera jour ou nuit dans le niveau. Les visiteurs sont aussi différents à chaque fois.

Mario Galaxy
Mario Galaxy est un niveau un peu étrange. La gravité de la planète vous attire vers son centre. Mais, si vous sautez du rebord ou encore directement vers le haut, vous irez en diagonale.

Niveaux présents dans les deux versions

Champ de Bataille
Un niveau standard qui est composé d'une grande plateforme et de trois petites plateformes qui flottent au-dessus. Malgré sa conception simple, il offre de nombreuses stratégies.

Château du Dr Wily
On reconnaît la base du Dr Wily de Mega Man 2 à l'arrière-plan de ce niveau. Parfois, un Yellow Devil sort du château et vient s'interposer dans le combat.

Yellow Devil peut être battu en attaquant son point faible : son œil. Si vous battez Yellow Devil, cela provoquera une gigantesque explosion qui touchera les combattants situés à sa portée.

Ring de boxe
Punch-Out!! a inspiré ce niveau. Vous pouvez vous battre sur le ring ou à l'extérieur de celui-ci. Utilisez les cordes à gauche ou à droite pour sauter très haut. Vous pouvez également attaquer les projecteurs situés au-dessus du ring pour qu'ils s'écrasent au sol.